Il metodo fadeTo() cambia gradualmente di un elemento ad una determinata soglia di trasparenza.
$(selector).fadeTo(speed,opacity,easing,callback)
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$(document).ready(function(){
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<div style="width:200px; height:200px; background-color:red"></div>
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$(document).ready(function(){
$("div").click(function(){
$("div").fadeTo(100, 0.2, function(){
$("div").fadeTo(2000, 1);
});
});
});
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<div style="width:200px; height:200px; background-color:red"></div>